Fu così chiamata l’istituzione fondata per ricercare (in lat. inquirere) ed esaminare coloro che si allontanavano dalla verità di fede e operavano in conseguenza, sul piano teorico o pratico. Nella realtà storica l’Inquisizione fu sempre legata a un tribunale nel quale venivano giudicati coloro che erano stati trovati colpevoli di eresia o di idee e azioni contrarie alla fede. L’esigenza di difendere la purezza e l’integrità della fede, manifestatasi dopo che il cristianesimo era diventato l’unica religione di Stato, pose il problema del modo di comportarsi nei riguardi di coloro che o non avessero accettato il cristianesimo (pagani sia dell’antica religione greco-romana, sia delle popolazioni germaniche) o si fossero allontanati dall’ortodossia (eretici).

Si ebbero allora le divergenti opinioni e di chi affermava il diritto per ciascuno di credere liberamente e di chi, invece, sosteneva l’opportunità di sospingere alla fede anche con la forza: S. Agostino – ed è un esempio interessante del mutamento di punto di vista in una stessa persona per effetto delle circostanze storiche – passò da una posizione assai tollerante al tempo della sua polemica contro i manichei (che concepivano la realtà come una continua lotta fra due principi opposti, come il bene e il male, lo spirito e la materia, ecc.) a una assai intransigente, verso la fine della sua vita, quando, in lotta contro i donatisti (che sostenevano la non validità dei sacramenti amministrati da sacerdoti indegni e proclamavano la propria ostilità nei confronti dell’Impero Romano), enunciò il famoso principio: "Compelle entrare" (costringere a entrare, cioè nella Chiesa), che tanta influenza doveva esercitare nei secoli futuri. A lungo, tuttavia, durante il Medioevo barbarico e i secoli dell’Alto Medioevo, l’atteggiamento della Chiesa, riguardo agli eretici e ai non cattolici, fu di tolleranza, anche quando, con l’inizio del sec. XI si cominciarono a manifestare dei fenomeni ereticali di vistosa importanza. Vi furono allora processi a eretici per conoscerne le idee e condannarle sì da impedire la loro diffusione, ma raramente condussero a sentenze capitali; comunque, non vi furono sistematiche ricerche per colpirli. Coloro che finirono sul rogo furono più vittime del furore popolare, che non del giudizio ecclesiastico.

Non si trattò però ancora di Inquisizione, perché di questa mancò l’aspetto più caratteristico, la ricerca dell’eretico, e si ebbero, di solito, interrogatori e giudizi di individui o gruppi, casualmente emersi all’attenzione degli ecclesiastici o di fedeli. Né possiamo ancora considerare Inquisizione la ricerca episodica di eretici che si ebbe lungo il sec. XII, in relazione al manifestarsi sempre più preoccupante dei vari gruppi eterodossi in Italia o in Francia, come quando S. Bernardo intervenne nel Tolosano contro il monaco Enrico e contro i Catari (setta ereticale che si fondava sul dualismo manicheo tra bene e male e predicava un profondo rinnovamento morale) o quando l’arcivescovo Galdino di Milano predicò, ancora, contro i Catari nella sua città. Però, è vero che proprio in questo secolo si venne lentamente formando l’opinione che bisognasse agire contro gli eretici e che questa azione costituisse uno dei più difficili e responsabili doveri del vescovo: questi dovrà ricercare e punire coloro che turbano e minano l’unità della fede: ma i vescovi operarono in questa direzione episodicamente e con debole impegno, sia per le difficoltà oggettive della ricerca stessa (gli eretici di qualsiasi tipo e credenza tendevano a mimetizzarsi) sia per lo scarso appoggio che riceveva dal clero, spesso insufficiente o fiacco.